明朝末年，内忧外患。熹宗不理朝政，整日寻欢作乐，朝政大权落在大太监魏忠贤手中。一日，熹宗乘船游玩落水，一病不起。弥留之际，召来弟弟信王朱由检，欲交待后事。不料，突然发现皇后张嫣怀孕，熹宗欣喜之余，病情好转。信王献上绝色美女陈圆圆，为熹宗弹琴解闷，熹宗让陈圆圆去服侍张嫣。
魏忠贤勾结熹宗乳母客氏，下药使张嫣流产，断了熹宗血脉，并嫁祸于信王和陈圆圆。熹宗大怒，将信王和陈圆圆打入死牢。张嫣暗中查知真相，偷偷将信王救出死牢。熹宗病情加重，魏忠贤逼迫熹宗将信王和陈圆圆处死。张嫣却带信王来见熹宗，熹宗临终前立下遗嘱，令信王继位。
当夜熹宗归天，魏忠贤图谋篡位，秘不发丧，一面想毒杀信王。信王孤身为熹宗守灵，又惊又怕。魏忠贤和客氏派人送来下毒的饮食，信王正要取食，张嫣赶到，假意斥责信王不守礼仪，将饭菜打翻，救了信王一命。
明末风云第2集剧情介绍皇宫被魏忠贤封锁，危在旦夕，信王与张嫣巧使计策，用鸽子送出密信。魏忠贤得知走漏消息，要将信王和张嫣一并除去。魏忠贤的内典兵刚至灵堂，接到密信的众大臣前来哭灵。张嫣当即宣布熹宗遗嘱，确立信王继位。魏忠贤措手不及，在既定事实下放弃篡位图谋。
与此同时，后金大汗努尔哈赤率兵攻打宁远，身受重伤，幸得多尔衮舍命相救。努尔哈赤返回盛京途中秘密召见大妃阿巴亥，欲交待后事。四贝勒皇太极担心皇位落在阿巴亥之子多尔衮身上，阿巴亥乘机摄政，祸乱朝纲，遂与大贝勒代善密谋，欲除阿巴亥。
明末风云剧照
努尔哈赤病逝，阿巴亥果然蠢蠢欲动。皇太极和代善等人达成共识，能除去阿巴亥者，继承汗位。皇太极献出一计，又主动表示继承汗位者应与代善等三大贝勒共同理政，获得代善等人拥戴。诸王逼迫阿巴亥殉葬。
明末风云第3集剧情介绍阿巴亥临终前，将多尔衮托付给皇太极妃子庄妃照顾。多尔衮自此对皇太极暗怀杀母大恨。信王登上皇位，是为思宗(崇祯)。魏忠贤将陈圆圆从死牢放出，进献给崇祯，他早已设下陷阱，偷偷藏一太监于密室，点燃迷香诱崇祯进入圈套。
崇祯果然心醉神迷，不能自已，陈圆圆亦投怀送抱，关键之时，崇祯突然清醒，推开陈圆圆，并在密室内发现燃迷香的太监，当即将其处死。张嫣将陈圆圆收留在自己身边，又让崇祯继续迷惑魏忠贤。
崇祯果然不再早朝，暗地里却带贴身太监王承恩出宫查访魏忠贤罪证。魏忠贤还以为崇祯沉迷女色，好不得意。皇太极登上汗位后，听从谋臣范文程建议，“轰轰继承，悄悄变更”，励精图治，富国强兵。但此时王权未稳，皇太极决定打击与他分庭抗礼的势力。