卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变。而卵巢巧克力囊肿有双侧和单侧之分，左侧卵巢巧克力囊肿属于单侧卵巢巧克力囊肿，情况没有双侧卵巢巧克力囊肿严重。
正常情况下，子宫内膜生长在子宫腔内，受体内女性激素的影响，每月脱落一次，形成月经。如果月经期脱落的子宫内膜碎片，随经血逆流经输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成异位囊肿，这种异位的子宫内膜也受性激素的影响，随同月经周期反复脱落出血，如病变发生在卵巢上，每次月经期局部都有出血，使卵巢增大，形成内含陈旧性积血的囊肿，这种陈旧性血呈褐色，黏稠如糊状，似巧克力，故又称“巧克力囊肿”。
这种囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂，但很少发生恶变。虽然不会恶变，但是还是会对女性造成很严重的危害和影响的。