由于完全水解蛋白的蛋白质分子量很小，免疫系统不会对它产生有效的免疫应答。部分水解蛋白分子量虽然比普通牛奶小很多，但依然保留了部分具有免疫活性的肽段，因而可以温和地训练免疫系统。
如果把蛋白质彻底分解为氨基酸分子，就成为以氨基酸分子为基础的脱敏营养奶粉，主要用于治疗婴幼儿过敏，不适合长期食用。
临床上，严重过敏的婴幼儿，需要吃一段时间的完全水解蛋白配方奶粉，而随着年龄增长带来的消化、免疫、皮肤保护层的不断发育完善，就可以逐渐改为部分水解蛋白配方奶粉。
家长们在购买深度水解奶粉的时候一定要到大商场或者是母婴店，并在购买的时候看清楚奶粉的罐身是否标有深度水解奶粉几个字，各种参数有没有写清楚，避免买到假冒伪劣的产品。特别注意的是一旦发现宝宝过敏，最好是尽快去医院咨询一下。