特殊配方奶粉中，大多数都是无乳糖配方奶粉（又称“防腹泻配方奶粉”），和水解蛋白奶粉（也就是俗称的“防过敏配方奶粉”，分为部分水解和完全水解两种），适用于有过敏体质的宝宝。奶粉配方中不含任何乳糖成分，大多数用麦芽糊精替代。这种奶粉在加工过程中，将牛乳中的蛋白质进一步水解成氨基酸，降低了牛奶蛋白的致敏性。
1、早产的宝宝：早产儿特殊配方奶粉，专门针对早产儿消化代谢和肾排泄功能差的生理特点设计的，特点为容易消化吸收及热量高。
2、容易溢奶的宝宝：防溢配方奶粉，适合常常出现溢奶情况的宝贝，这种配方奶粉实在奶粉中掺入了一些可溶性淀粉，使奶液较常规类的稠一些，流动更缓慢，在确保宝宝能吸收到足够营养成分的前提下，降低来自胃部的压缩感，有效抑制溢奶。
3、偏食的宝宝：偏食宝宝奶粉，这类奶粉加强了偏食宝宝常缺乏的营养素，可以帮助偏食宝宝获得全面和均衡的营养，但是不能完全代替普通奶粉，也不能代替日常膳食。
4、牛奶蛋白过敏的宝宝：配方豆奶粉，这类奶粉和传统的配方奶粉差别在于，是用大豆代表替代了牛奶蛋白，因此适合牛奶蛋白过敏的宝宝食用。