有些女性在服用避孕药后可能出现月经失调，恶心，头晕，皮肤变差等副作用，避孕药的副作用的持续时间长短是因人而异的，如长效避孕药，短效避孕方效果可持续2-3个周期，紧急避孕可导致三个月的月经紊乱。
常规避孕药的副作用低于紧急避孕药的副作用，但过量或不合理的使用也会严重影响妇女的健康。部分女性服药后的副作用持续时间长，甚至有不孕的严重后果。
一年内紧急避孕药服用应不超过三次，此药物易引起副作用除了常见的外，还可出现头痛，乳房胀痛，胃肠不适，神经紧张，体重增加，情绪低落等副作用。一些副作用可能在服药24小时后消失，但一些副作用将持续三个月，甚至影响生育。所以服用紧急避孕药时应按规定服用。如果副作用持续时间太长，可以根据医生的建议服用黄体酮药物或注射黄体酮。