慢性乙肝的主要治疗方法就是抗病毒治疗，因此治疗药物主要是起到抑制病毒复制的功效，这类药物是可以最终清除乙肝病毒的。这类的药物主要有：干扰素（普通干扰素、长效干扰素）和核苷（酸）类似物，核苷（酸）类似物的药物有拉米夫定，阿德福韦酯，替比夫定，恩替卡韦，替诺福韦酯，克拉夫定等，都是专门治疗乙肝的药物。
除了以上这些西药，一些中药也有治疗乙肝的作用，不过中药是重在调理，主要是增强患者的免疫力来是实现的，中药材中的山药、茯苓、当归、黄芪、人参、刺五加、党参、山茱萸、何首乌、灵芝等，都是通过提高患者机体免疫能力来帮助抗病毒的。